يركز البرنامج التعليمي في محمية الأزرق المائية على المناطق الرطبة وطرق المحافظة عليها، وتقدم المحمية للطلبة فرصة الإطلاع على التغيرات التي حدثت في واحات الأزرق والآثار الجانبية لضخ المياه لغايات الشرب، بالإضافة للمخاطر الأخرى التي تحدق بالواحة.
يضم البرنامج التعليمي لمحمية الأزرق العديد من المفاهيم البيئية أهمها: البرنامج التعليمي حول الطيور حيث يبين هذا البرنامج أهمية المحمية كمحطة للطيور المهاجرة وأهمية المحافظة عليها، كما يتضمن البرنامج مواضيع مرتبطة بدراسة سلوك الطيور وهجرتها، وطرق دراسة وتصنيف الطيور من خلال مراقبتها وتحجيلها.
كما يضم البرنامج العديد من المفاهيم التي تركز على اهمية التنوع الحيوي في المحمية وإرتباطه بالإستخدامات المحلية القديمة والحالية لواحة الأرزق.
قامت الجمعية بتصميم حقيبة تعليمية خاصة بمحمية الأرزق تهدف إلى مساعدة الطلاب في تطبيق البرنامج التعليمي للمحمية، تحتوي الحقيبة على منظارً ودليل للطيور لمساعدة الطلاب التعرف على طيور المحمية وتصنيفها حسب المعايير العالمية، كما تضم الحقيبة أجهزة ومعدات تكشف عن مستويات وجودة المياه في المحمية وتساعد أيضا في الكشف عن الخصائص الكيميائية والفيزيائية للمياه من خلال التعرف على مستويات الهيدروجين، ودرجة الحرارة ومستويات الأمونيا، وقياس مستويات المياه في المنطقة وربط هذه النتائج بجهود حماية الموائل الطبيعية، خاصة فيما يتعلق بالسمك السرحاني المهدد بالإنقراض والذي تعد محمية الأزرق الموئل الوحيد في العالم لهذا النوع من الاسماك .
كما يصم مركز الزوار في المحمية قاعة تعليمية متخصصة والتي تعد محطة مهمة في البرنامج التعليمي، إذ تمكن الزوار من الإطلاع على تاريخ التنوع الحيوي في الأزرق والكائنات المميزة التي عاشت المنطقة، وأهمية واحة الأرزق كمحطة في خطوط الهجرة العالمية للطيو، ومخاطر ضخ المياه على إستمرارية الواحة وأهمية جهود الجمعية في المحافظة على الواحة.