تعمل الجمعية الملكية لحماية الطبيعة مع مجموعة من الشركاء والممولين على تنفيذ العديد من المشاريع والمبادرات والتي ساهمت في نقل برامج الجمعية نقلة نوعية في مجال برامج إدارة التنوع الحيوي ومشاريع السياحة البيئية والتنمية الاقتصادية الاجتماعية، وقد ساهمت هذه المشاريع في أن تلعب الجمعية دور الريادة في إدارة المحميات الطبيعية واستخدام السياحة البيئية والمشاريع الاقتصادية الاجتماعية كوسيلة لتحقيق أهداف حماية الطبيعة.
- مشروع الزراعة العضوية
- مشروع إعادة توطين طائر الحبارى في المملكة الأردنية الهاشمية
- مشروع تحسين البنية التحتية الخضراء في الأردن من خلال إجراءات العمالة المكثفة
- تعميم مفهوم المناطق الهامة للنباتات ضمن إطار المخطط الوطني لصون القيم الطبيعية
- مشروع دمج حماية الطيور الحوامة في القطاعات الإنتاجية الأساسية (الزراعة، والصيد، والسياحة، وإدارة النفايات، و الطاقة) في الأردن
- إجراءات عاجلة لتعزيز مجتمع الرخمة المصري في البلقان وتأمين مسار الهجرة لها
- مشروع الإدارة المتكاملة وصون الموارد المائية في محمية غابات اليرموك
- الادارة المتكاملة لحوض نهر الموجب